Tesis Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar

Contoh Tesis Analisis keragaman genetik jarak pagar (jatropha curcas l.) Berdasarkan penanda molekuler rapd (random amplified polymorphic dna)

A. Latar Belakang Masalah

Permasalahan dalam persilangan tanaman jarak pagar adalah penentuan tetua yang dapat digunakan dalam persilangan antar kultivar yang bertujuan untuk menghasilkan varietas unggul baru. Sampai saat ini belum ada varietas baru yang merupakan hasil persilangan di antara kultivar-kultivar yang ada . Permasalahan penentuan tetua yang dapat digunakan dalam persilangan antar kultivar dapat diatasi dengan melakukan seleksi terhadap kultivar tanaman jarak pagar yang menunjukkan perbedaan penanda molekuler yang berhubungan dengan sifat morfologi terbaik yang akan digabungkan.             Permasalahan lain dalam pemuliaan tanaman jarak pagar adalah kegiatan pemuliaan diarahkan untuk memperbaiki kualitas dan kuantitas biji jarak pagar, yang pada gilirannya akan diperoleh biji jarak pagar dengan kandungan minyak yang baik. Permasalahan untuk menyaring sifat unggul dapat diatasi dengan mengetahui penanda molekuler­RAPD. Salah satu penanda DNA yang dapat diterapkan adalah metode Random Amplified Polymorphisme DNA (RAPD). Penanda RAPD mampu mendeteksi keragaman dan mengelompokkan keragaman berdasarkan pola pita DNA yang dapat menunjukkan ada atau tidaknya segmen kromosom pembawa gen atau alel yang diinginkan (Tanskley, 1991). Penanda RAPD tidakdipengaruhi oleh lingkungan tumbuh dan fase perkembangan tanaman. Berdasarkan sifat penanda RAPD sebagai penanda dominan yang dapat dideteksi pada keturunan pertama (F1) maka RAPD dapat digunakan untuk membantu mempercepat seleksi sifat unggul pada tanaman jarak pagar.

B. Rumusan Masalah Tesis

Informasi genetik jarak pagar penting artinya dalam pemuliaan tanaman. Penelitian ini akan mempelajari keragaman pada tanaman jarak pagar berdasarkan analisis RAPD dan bagaimana pengelompokannya berdasarkan kemiripan pola pita yang tampak pada analisis RAPD sebagai kontribusi informasi dalam proses pemuliaaan tanaman. Berdasarkan hal tersebut permasalahan yang ditemukan adalah :

1. Bagaimana pola pita jarak pagar (J. curcas) aksesi Jawa Timur,  NTT,  NTB, Sulawesi Selatan, Jawa Tengah, Jawa Barat, Palembang, Sumatra Barat dan Bengkulu berdasarkan analisis RAPD ?
2. Bagaimana kemiripan genetik  jarak pagar (J. curcas) aksesi Jawa Timur,  NTT, NTB, Sulawesi Selatan, Jawa Tengah, Jawa Barat, Palembang, Sumatra Barat dan Bengkulu berdasarkan pola pita yang tampak pada analisis RAPD ?

C. Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk :

1.Mengetahui pola pita jarak pagar (J. curcas) aksesi Jawa Timur,  NTT,  NTB, Sulawesi Selatan, Jawa Tengah, Jawa Barat, Palembang, Sumatra Barat dan Bengkulu berdasarkan analisis RAPD. 2.Mengetahui keragaman karakterisasi sifat molekuler tanaman jarak pagar (J. curcas) aksesi Jawa Timur,  NTT,  NTB, Sulawesi Selatan, Jawa Tengah, Jawa Barat, Palembang, Sumatra Barat dan Bengkulu menggunakan analisis RAPD dan mengelompokkannya berdasarkan pola pita yang tampak dari analisis RAPD.

D. Hasil dan Pembahasan

Analisis data didasarkan pada ada atau tidaknya pita. Profil pita DNA diterjemahkan ke dalam data biner dengan ketentuan nilai 0 untuk tidak ada pita dan nilai 1 untuk adanya pita DNA pada satu posisi yang sama dari individu­individu yang dibandingkan (Lampiran 1). Pengelompokan data matrik (cluster analysis) dan pembuatan dendogram dilakukan dengan metode Unweighted Pair­Group Method Aritmetic (UPGMA) menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) versi 2.02i.

Data yang diperoleh dari pemotretan gel hasil RAPD berupa pita pita diskrit dengan ukuran tertentu dari masing­masing aksesi jarak pagar. Jarak pita diukur dari batas bawah sumur sampai batas bawah pita yang masih tampak. Nomor pita diurutkan dari jarak pita terdekat dengan batas bawah sumur. Pengukuran potongan DNA genom dilakukan dengan membandingkannya dengan berat molekul standar 1 Kb DNA Ladder. Perbedaan antar nomor aksesi jarak pagar ditunjukkan oleh jumlah pita dan jarak migrasinya.

Sebelum dilakukan analisis RAPD, maka ada beberapa pertimbangan yang harus dilakukan sehingga akan diperoleh hasil analisis yang memuaskan. Dengan kata lain, optimasi beberapa parameter perlu dilakukan. Karena telah ada beberapa peneliti yang melakukan penelitian dengan metode yang serupa, maka metode optimasi yang telah digunakan oleh peneliti dapat diaplikasikan pada penelitian ini. Dari hasil optimasi tersebut ternyata parameter dan kondisi PCR yang digunakan dapat diaplikasikan pada kegiatan ini.

Penelitian untuk menghasilkan kelompok­kelompok jarak pagar berdasarkan penanda RAPD dilakukan secara bertahap meliputi:

a) Ekstraksi DNA,

b) purifikasi DNA,

c) seleksi primer yang digunakan untuk menghasilkan penanda RAPD yang polimorfik,

d) penggandaan DNA dengan teknologi PCR,

e) penyusunan matriks similaritas dan

f) penyusunan dendogram.